ระบบ unix เอง มีอะไรๆหลายๆอย่างที่แตกต่างไปจากระบบของ mikro$ หนึ่งในส่วนที่แตกต่างมาก(ถึงมากที่สุด) คือเรื่องของระบบ ไฟล์ ในที่นี้จะกล่าวถึง directory structure แค่เบื้องต้น ถ้ามีโอกาส จะกลับมาพูดถึงอีกรอบ
/ |-- bin |-- boot |-- data |-- dev |-- etc |-- home |-- lib |-- mnt |-- opt |-- proc |-- root |-- sbin |-- tmp |-- usr `-- var
ในแต่ละ directory จะ แบ่งไว้เพื่อ เก็บ file ต่างๆกัน ตามลักษณะ และจุดประสงค์ของ file กลุ่มน้นๆ และทุกๆ directory จะต้องอยู่ภายใต้ directory ใดๆอันนึง ซึ่งจะมี directory บนสุดอยู่ directory เดียวคือ root directory (/) ในแต่ละ directory จะประกอบไปด้วย file และ directory หรืออาจจะเป็น directory เปล่า ไม่มีอะไรอยู่ข้างในก็ได้ แต่มี file (directory) อยู่ ๒ ชนิดที่จะต้องมีอยู่ในทุกๆ directory คือ './' และ '../'
bin = binary เก็บ execable binary file พื้นฐานทั่วไป boot เก็บ ไฟล์ที่เกี่ยวข้องกับการ boot ระบบ (optional) dev = device เก็บ file เพื่อใช้ access device etc = et cetera เก็บ ไฟล์ configuration ทั่วๆไป (general used) ในระบบ home home directory ของแต่ละ user lib = library เก็บ library ของระบบเช่น system modules, security lib mnt = mount เก็บ foo directory เพื่อ mount disk (optional) opt = optional เก็บ pre-loaded s/w proc = process เก็บข้อมูลเกี่ยวกับ ระบบ และ process ี่กำลังรันนิ่ง root = root home directory sbin = superuser binary เป็น executable binary ของกลุ่ม superuser tmp = temporary usr = user เก็บไฟล์สำคัญๆหลายอย่างเช่น library, execuable bianry, ฯลฯ ที่สามารถแชร์กันภายใน user ต่างๆได้ var = variables เก็บ spooling, log, message files
ในระบบ unix จะไม่มีระบบ drive lebel เหมือนในระบบของ mikrosoft window$ ถ้าจตะ aaccess disk partition จะต้องทำการ mount เข้ามาไว้ใน directory ว่าง ซะก่อน และ Linux เอง support File System หลายแบบมาก เวลาจะ mount บางทีอาจจะต้องบอก FS type ด้วยตัวอย่างการ mount
$ mount -t vfat /dev/fd0 /mnt/floppy เป็นการ mount (do$) floppy disk ไว้ที่ directory /mnt/floppy $ mount -t ext2 /dev/hda5 /mnt/home เป็นการ mount logical partition แรกของ hd ในเส้น primary ไว้ยัง directory สำหรับ user (/home) $ mount ถ้าเราไม่ ส่ง arg เข้าไปเลย mount จะส่งข้อมูลของ partition ที่ถูก mount ทั้งหมดออกมาแทน
ในการ link ไฟล์หรือ directory สามรถทำได้ด้วยคำสั่ง ln การ Link ในระบบ unix แบ่งเป็น ๒ อย่างคือ symbolic (soft) link และ hard link ความแตกต่างของการ link ทั้ง ๒ คือ symbolic link จะคล้ายๆกับ shortcut ในระบบของ mikro$oft window$ ส่วนของ hard link จะเป็นการ link ที่ทั้ง ๒ ไฟล์ map ตำแหน่งใน physical เดียวกัน (inode เดียวกัน)